PASO POR EUROPA

 En la temporada 2001/02, el equipo experimenta una serie de variaciones en el organigrama tras el fallecimiento de su propietario Antonio Asensio, siendo el directivo del Grupo Zeta Serafín Roldán el presidente que reemplaza al saliente Fernando Puche. Joaquín Peiró seguiría en el banquillo, pero la nueva directiva, a pesar de las muestras de descontento de la afición, daría salida a jugadores básicos en la plantilla como Rufete, De los Santos, Movilla o Agostinho, siendo sustituidos por otros nuevos jugadores como Duda, Gerardo, Marcelo Romero, Litos o Miguel Ángel. El equipo no se reciente de esta reestructuración de la plantilla y vuelve a cuajar otro gran campeonato peleando por la disputa de competiciones europeas. Al final de temporada, aunque no se consiguió el acceso directo a la Copa de la UEFA, el equipo aseguró con su décimo puesto en la clasificación su presencia en la Copa Intertoto de la UEFA, competición en la que se había inscrito y que disputaría durante el verano de 2002.19​

El 27 de agosto de 2002, el club conquistó la Copa Intertoto, que daba derecho a jugar la Copa de la UEFA. Para ello tuvo que superar tres rondas eliminatorias, venciendo a Gante, Willem II y Villarreal CF,10​ y convirtiéndose en el primer club andaluz en conseguir un título oficial europeo. La posterior participación en la Copa de la UEFA fue notable, alcanzando los cuartos de final y eliminando a equipos con larga tradición en competiciones europeas como el Leeds United o el AEK Atenas tras vencer en sus propios estadios con resultados de un gol a dos y cero goles a uno respectivamente. Finalmente, el equipo cayó eliminado frente al Boavista portugués, en la tanda de penaltis.20​

En junio de 2003 el filial del equipo, el Málaga B, hoy denominado Atlético Malagueño, asciende a Segunda División, y el equipo de categoría juvenil se proclama campeón de España. La directiva del club aprovechando el buen momento de la cantera malaguista y al mismo tiempo pretendie
ndo disminuir la masa salarial, prescinde de varios titulares de los últimos años como Contreras, Roteta, Musampa, Sandro, Dely Valdés y Darío Silva entre otros, siendo sustituidos por jugadores de la cantera como Calatayud, Juanito, Juan Rodríguez, Koke y Geijo que llevaron a cabo el necesario relevo generacional.21​ El 3 de diciembre de 2003 el Málaga, entrenado por Juande Ramos durante la temporada 2003/04, derrotó al FC Barcelona por el abultado resultado de cinco a uno, goles anotados por Salva Ballesta, en tres ocasiones, el delantero charrúa Diego Alonso y por Manuel Canabal.22​

La siguiente temporada, 2004-05, no fue fácil para el Málaga. Gregorio Manzano fue destituido como entrenador en la jornada 18, con el club en puestos de descenso.Solo el ascenso del entrenador del filial, Antonio Tapia, y la llegada del goleador brasileño Fernando Baiano consiguieron asegurar la permanencia del Málaga en Primera. Con el técnico cordobés, el Málaga consiguió 36 puntos en 20 partidos, incluyendo un 1-6 ante el Osasuna, la mayor goleada de la historia del club.24​ Al año siguiente el proyecto del Málaga CF fracasa y el equipo desciende a Segunda División como último clasificado, con sólo 24 puntos y cinco victorias en la Liga.25​ La temporada fue convulsa, incluyendo destituciones de entrenadores y rebelión de futbolistas contra el club